Candida auris — это опасный возбудитель кандидоза, характеризующийся устойчивостью к большинству лекарственных препаратов. Всемирная организация здравоохранения классифицирует этот грибок как представляющий серьезную угрозу для здоровья людей. Недавно ученые из Сингапура выделили новую группу Candida auris, в результате чего общее их количество увеличилось до шести.
C. auris легко передается, но из-за резистентности ко многим противогрибковым препаратам тяжело поддается лечению. Как и ряд других представителей рода Candida, это условно-патогенный микроорганизм, который обычно встречается в естественной микрофлоре человека и не вызывает негативных последствий. Однако он представляет опасность для людей с ослабленным иммунитетом или имеющих серьезные сопутствующие заболевания. Наиболее уязвимы пациенты больниц, использующие инвазивные медицинские приборы, такие как дыхательные трубки, зонды для питания и катетеры.
Этот «прилипчивый» патоген подолгу выживает на различных поверхностях, в том числе медицинском оборудовании, и не раз становился причиной вспышек внутрибольничных инфекций, угрожающих жизни пациентов.
В предыдущих исследованиях было зафиксировано пять кладов Candida auris (в биологии клада — группа организмов, объединенных общим происхождением), которые сформировались в различных географических точках Земли независимо. В 2023 году врачи выявили новую кладу у пациента, проходившего лечение в сингапурской клинике общей практики ( Singapore General Hospital, SGH). Он сдал положительный анализ на C. auris, несмотря на это, он не выезжал за границу в течение двух лет, что послужило причиной для проведения дополнительного расследования.
В сотрудничестве со специалистами клиники исследователи из Сингапурского института генома ( Genome Institute of Singapore, GIS) разработали метод машинного обучения для выявления потенциальных новых кладов C. auris. Затем они реконструировали геномы обнаруженного патогена и подробно их охарактеризовали, чтобы подтвердить принадлежность к кладе, генетически отличной от пяти других, известных науке.
Последующий анализ архивных данных больницы позволил медикам обнаружить еще два подобных случая инфекции. Проведенные исследования показали, что возбудители заболевания чувствительны к использованным противогрибковым препаратам.
Результаты генотипических и фенотипических исследований были изложены специалистами в научной статье, опубликованной недавно вышла в журнале The Lancet Microbe.
Согласно исследованию, недавно обнаружен новый артефакт C. auris демонстрирует близкое родство с представителями IV клады, чаще встречающейся в Южной Америке. Открытие свидетельствует о ранее неизвестных генетическом разнообразии и месте происхождения C. auris.
Исследователи акцентировали внимание на необходимости клинических наблюдений, разработки действенных методов секвенирования и генетического анализа для обнаружения новых штаммов C. auris, мониторинга их распространения и минимизации негативных последствий.
Теперь группа исследователей разрабатывает экспериментальную методику на основе машинного обучения, позволяющую автоматически выявлять новые клады на ранних этапах. Наличие такого инструмента особенно актуально для стран вроде Сингапура, куда ежегодно приезжают миллионы иностранных гостей.