Candida auris — смертельно опасный возбудитель кандидоза, устойчивый к большинству лекарств. Всемирная организация здравоохранения относит этот грибок к представляющим наибольшую угрозу для людей. Ученые из Сингапура недавно описали новую кладу (или тип) Candida auris, с учетом чего их общее число достигло шести.
C. auris легко передается, но из-за резистентности ко многим противогрибковым препаратам тяжело поддается лечению. Как и ряд других представителей рода Candida, это условно-патогенный микроорганизм, который может присутствовать в естественной микрофлоре человека, не причиняя вреда. Он опасен для людей с ослабленным иммунитетом и тяжелыми сопутствующими заболеваниями. В зоне повышенного риска — пациенты больниц с инвазивными приспособлениями вроде дыхательных или питательных трубок и катетеров.
Этот «прилипчивый» патоген подолгу выживает на различных поверхностях, в том числе медицинском оборудовании, и не раз становился причиной вспышек внутрибольничных инфекций, угрожающих жизни пациентов.
Ранее в научной литературе были описаны пять клад Candida auris (в биологии клада — группа организмов, имеющих общего предка), которые возникли в разных точках планеты независимо друг от друга. В 2023 году медики обнаружили новую кладу у пациента Сингапурской клиники общего профиля (Singapore General Hospital, SGH). Он сдал положительный анализ на C. auris, но при этом в течение двух лет не покидал пределов страны, что и стало поводом для дальнейшего расследования.
В сотрудничестве со специалистами клиники исследователи из Сингапурского института генома (Genome Institute of Singapore, GIS) разработали метод машинного обучения для отслеживания потенциально новой клады C. auris. Затем они реконструировали геномы обнаруженного патогена и подробно их охарактеризовали, чтобы подтвердить принадлежность к кладе, генетически отличной от пяти других, известных науке.
В дальнейшем медики изучили архив больницы и выявили еще два аналогичных случая инфекции. Ученые также проверили патогены на устойчивость к противогрибковым средствам и выяснили, что они чувствительны к протестированным препаратам.
Свои открытия по итогам генотипических и фенотипических исследований специалисты описали в научной статье, которая недавно вышла в журнале The Lancet Microbe.
По словам авторов научной работы, новая клада C. auris демонстрирует близкое родство с представителями IV клады, чаще встречающейся в Южной Америке. Открытие свидетельствует о ранее неизвестных генетическом разнообразии и месте происхождения C. auris.
Ученые подчеркнули важность клинических наблюдений, поиска эффективных стратегий секвенирования и генетического анализа для выявления новых штаммов C. auris, отслеживания их распространения и сдерживания неблагоприятных последствий.
Теперь группа исследователей разрабатывает экспериментальную методику на основе машинного обучения, позволяющую автоматически выявлять новые клады на ранних этапах. Наличие такого инструмента особенно актуально для стран вроде Сингапура, куда ежегодно приезжают миллионы иностранных гостей.