Согласно свежим данным из Южной Африки, количество госпитализаций, связанных с новым штаммом коронавируса «омикрон», вызывает серьезную обеспокоенность. Похоже, что этот вариант SARS-CoV-2 обладает повышенной способностью заражать людей, ранее переболевших или вакцинированных, практически с той же частотой, что и невакцинированных (и чаще приводя к летальному исходу). Naked Science делает прогноз о том, что нас ожидает в ближайшее время и какой будет «омикрон»-эпидемия в России.
Второй южноафриканский
В ноябре этого года в ЮАР (провинция Гаутенг) зафиксировали значительное увеличение числа заболевших Covid-19. При этом результаты тестов у некоторых пациентов оказывались неоднозначными, несмотря на явное наличие симптомов, характерных для коронавирусной инфекции. Южноафриканские ученые собрали образцы вируса и провели геномное секвенирование к 14-16 ноября. Анализ показал, что перед ними новый вариант, существенно отличающийся от «дельты» и произошедший от исходного штамма, выявленного в Ухане».
Если «дельта», продолжающая распространяться в России, отличается от китайского «уханьца» всего 13 мутациями, то у «омикрона» их уже 60: 32 из них затрагивают S-белок. Этот белок формирует оболочку вируса и является мишенью для антител организма. Даже по характеру мутаций было понятно, что новый штамм обладает потенциалом для преодоления иммунной защиты. Однако менее понятным оставался другой вопрос: почему остальные варианты коронавируса эволюционировали медленно — всего 13 мутаций за полтора года пандемии, как у «дельты», а этот — с такой высокой скоростью. Наиболее вероятное объяснение заключается в том, что в ЮАР проживает большое количество людей, инфицированных ВИЧ, а также людей с ВИЧ, которые не получают адекватного лечения.
У этих пациентов развивается иммунодефицит, поскольку ВИЧ поражает и уничтожает их иммунные клетки. Это делает их уязвимыми к продолжительным, многомесячным заболеваниям Covid-19. Под воздействием неполностью функционирующей иммунной системы коронавирус может приобрести значительно больше мутаций за месяцы, чем за короткий период его пребывания в организме человека с нормальным иммунитетом.
Полное избавление от ВИЧ в ЮАР в ближайшие годы представляется маловероятным, что связано с особенностями восприятия вопросов здоровья у части местного населения. Подобная ситуация наблюдается и в России в отношении коронавируса. Таким образом, «омикрон» может оказаться не единственным неожиданным событием для Африканского континента. Фактически, это уже второй сложный вариант SARS-CoV-2, идентифицированный в Южной Африке. Ранее это был штамм «бета», который лучше обходил иммунную защиту, чем «дельта». «Дельта» вытеснил его благодаря более высокой способности к передаче. Новый южноафриканский вариант также превосходит все известные штаммы по показателю заразности.
Давайте проанализируем текущие сведения о нем и определим, какие вопросы остаются без ответа.
Новый вариант коронавируса, известный как «стелс», обладает высоким потенциалом для стремительного распространения
У нового штамма выявлены две подварианта: BA.1/B.1.1.529.1 и BA.2/B.1.1.529.2. Второй подвариант крайне сложно, а в некоторых случаях и невозможно, выявить с помощью существующих типов ПЦР-тестов. За это его и назвали «понять, почему важно знать о варианте «омикрон-стелс», довольно просто. В первые дни развития заболевания он может проявляться как обычная острая респираторная вирусная инфекция: наблюдается сухой кашель, насморк и чувство усталости. Более серьезные признаки, такие как затрудненное дыхание и пневмония, возникают несколько позже. У нового варианта отсутствуют признаки поражения желудочно-кишечного тракта, которые были характерны для дельта-штамма. Пропажа обоняния достаточно редка.
В сложившейся ситуации полимеразная цепная реакция (ПЦР) является практически единственным способом оперативной диагностики. Однако, учитывая, что один из новых подвариантов коронавируса не обнаруживается с помощью этого метода, озвучиваемые в СМИ данные о количестве заболевших могут быть не совсем корректными. Существенная доля инфицированных людей находится среди нас, оставаясь невыявленной.
Это способно еще больше увеличить скорость уже стремительного распространения варианта «омикрон». По свежим данным из Великобритании, количество заболевших им увеличивается на 35% в сутки. Он также может повторно заражать людей, ранее переболевших в несколько раз чаще, по сравнению с более ранними штаммами, новый вариант обладает большей заразности. На основании этого, он догонит «дельту» по числу заболевших в Великобритании уже через неделю. А затем и превзойдет ее. Похожая динамика развития, вероятно, ожидается и в России.
Неизбежна ли вспышка штамма «омикрон»? Без сомнений, она произойдет, поскольку уровень вакцинации в нашей стране значительно ниже, чем в Великобритании. Остается определить сроки: произойдет ли это в начале января 2022 года или уже в конце декабря этого года.
Насколько «омикрон» обходит иммунитет?
Эпидемия началась в одной из стран Африки, из-за чего установить точную картину происходящего в зоне ее возникновения затруднительно. В африканских государствах наблюдается дефицит специалистов, способных оперативно выполнить необходимые исследования.
Поэтому мы знаем, согласно данным, полученным в Соединенных Штатах, среди 43 заболевших «омикроном» 79% были полностью вакцинированы, и еще 30,2% из них получили бустерную дозу; 14% ранее перенесли другие варианты коронавирусной инфекции. Известно, согласно данным, 60% американцев завершили полный курс вакцинации, а еще около 16% получили бустерную дозу. В данном исследовании доля вакцинированных и ревакцинированных среди заболевших оказалась выше, чем в общей популяции, однако это не свидетельствует о том, что вакцинация способствует заболеваемости. Заметно повышенный процент вакцинированных среди этих 43 заболевших объясняется небольшим размером выборки.
Исследования, проведенные в лабораториях Германии, ЮАР и США, продемонстрировали способность плазмы крови вакцинированных и переболевших людей к нейтрализации коронавируса. Однако, для достижения этого эффекта требуется разведение в 40 раз большее, чем при работе со старыми штаммами. Это указывает на то, что антитела, эффективные против SARS-CoV-2, нейтрализуют «омикрон» значительно менее эффективно, чем предыдущие варианты.
Начальные оценки эффективности вакцины Pfizer против данного варианта это подтверждают: у людей, получивших только две дозы, уровень защиты заметно ниже 50%, а более надежная защита наблюдается только у ревакцинированных, то есть у тех, кто суммарно получил более трех доз. Однако, по всей видимости, и этот показатель далек от 80%, как это было зафиксировано Pfizer при работе с «дельтой».
Вакцины «Спутник» и Moderna обеспечивают заметно более эффективную защиту от COVID-19 по сравнению с Pfizer, особенно если рассматривать летальность от этой инфекции. Информации о защите «Спутника» и Moderna против штамма «омикрон» пока недостаточно, однако существует вероятность, что она будет несколько выше. Тем не менее, очевидно, что и в этих случаях уровень защиты будет значительно ниже, чем 80-90%, характерные для защиты от штамма «дельта».
Рекомендация: вакцинированным следует рассмотреть вопрос о ревакцинации, особенно при недостаточном уровне антител. Об этом я неоднократно упоминал Naked Science, клеточный иммунитет от коронавируса помогает не блестяще. Несмотря на это, следует учитывать, что даже у людей, получивших бустерную вакцинацию менее двух месяцев назад, есть ощутимые шансы избежать заражения штаммом «омикрон.
К сожалению, даже молодость и крепкое здоровье перестали быть гарантией успеха. Свежий препринт южноафриканских исследователей показывает заражение семи приезжих немцев средним возрастом в 27 лет, причем все они недавно сделали третью прививку. Несмотря на это, через неделю заболевания у троих есть признаки поражения легких. Обычно ковидная пневмония не затрагивает людей с недавней ревакцинацией. Точнее будет сказать: раньше не затрагивала, в эпоху до омикрон-штамма.
Действительно ли заболевание, вызванное штаммом «омикрон», протекает в легкой форме?
В последнее время заявления вирусолога Константина Чумакова, работающего в Управлении по надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA), привлекли широкое внимание СМИ. Он предположил, что «Омикрон-штамм может быть живой вакциной, созданной природой». В основе этой необычной идеи, которая не является новой и ранее высказывалась за рубежом, лежит простая концепция. Согласно данным, полученным из ЮАР, у «омикрона» наблюдается низкая смертность, а состояние пациентов, госпитализированных с этим штаммом, реже требует кислородной поддержки.
Переболевшие им приобретут иммунитет, что фактически равносильно вакцинации. При этом, в отличие от обычных вакцин, которые вызывают сопротивление антивакцинаторов, штамм «омикрон» охватит их в ближайшие месяцы. Это объясняется его повышенной заразностью, которая, согласно представленному графику, превышает показатели «дельты», то есть распространение происходит очень быстро, напоминая распространение степного пожара.
Несмотря на оптимистичную картину, существуют факторы, ставящие ее под сомнение. Обратите внимание на графики, представленные выше и ниже этого абзаца: верхний демонстрирует официальную статистику смертности от коронавируса в ЮАР, а нижний – избыточную смертность в этой стране. Визуальный анализ показывает сходство форм графиков. Однако количество избыточных смертей значительно превышает число официально зарегистрированных смертей от коронавируса в ЮАР. Другими словами, ситуация в ЮАР напоминает российскую, но усугублена: система здравоохранения не учитывает большую часть жертв коронавируса. Это обстоятельство вызывает серьезные сомнения в отношении любых оценок, поступающих из ЮАР, например, о снижении смертности от штамма «омикрон».
Следует окончательно отказаться от распространенного заблуждения о том, что штамм «омикрон» не приводит к летальным исходам. В период с 29 ноября по 10 декабря 2021 года «омикрон» стал преобладающим штаммом в ЮАР, составив 95% всех зарегистрированных случаев заболевания. При этом даже официальные данные о смертности от коронавируса в этой стране, заниженные, не демонстрируют заметного снижения. Наблюдаются колебания, но они не формируют четкой тенденции. Данные с представленного графика указывают на то, что «омикрон» вызывает смертельные исходы, поскольку другие штаммы, составляющие 5% случаев, не могли бы обеспечить такую же смертность. Возможно, «омикрон» и снижает смертность по сравнению с «дельтой», однако убедительных доказательств этому пока нет.
В ЮАР, согласно данным о распространенности антител к коронавирусу, антитела были обнаружены у более чем у 80% населения (есть оценки, превышающие 85%). Как уже упоминалось, штамм «омикрон» способен заражать как переболевших, так и вакцинированных людей. Тем не менее, основываясь на принципах биологии, антитела, присутствующие в организме этих людей, способны противодействовать новому варианту вируса. Они могут не предотвратить заражение, но способны уменьшить тяжесть заболевания и снизить смертность.
За пределами ЮАР сложно найти государства, где доля недавно переболевших и вакцинированных превышает 80%. Соответственно, за пределами ЮАР новый вирус может представлять большую опасность и приводить к более частому смертельному исходу, чем внутри страны. Кроме того, медианный возраст населения этой страны — относительно невысокий 27,6 лет. В России, например, медианный возраст населения превышает аналогичный показатель в полтора раза. Уязвимость к коронавирусу возрастает с увеличением возраста человека.
У зараженных «дельтой» наблюдалась смертность около 2%, если не учитывать лиц, ранее вакцинированных или переболевших. Этот показатель вдвое превышает смертность при заражении базовым коронавирусом. «Омикрон» не имеет общего происхождения с «дельтой», и его смертность, вероятно, сопоставима со смертностью базового коронавируса – около 1%. По сравнению с «дельтой» это менее критичный показатель, однако это не делает его «живой вакциной». Заболевание остается весьма опасным.
Даже в декабре уровень смертности от коронавируса в ЮАР составлял не менее 0,6%, согласно графику. Безусловно, этот показатель значительно ниже, чем раньше, однако он сопоставим с летальностью вируса, обнаруженного в Ухане, и составлял 1,0%.
На данный момент идеи Чумакова и других ученых, сотрудничающих с западными исследовательскими группами, касающиеся варианта «омикрон», остаются лишь надеждами. На сегодняшний день отсутствуют данные, которые могли бы подтвердить эти оптимистичные прогнозы.
«Разработка вакцины от штамма «омикрон» завершена, однако она не будет доступна до окончания зимней волны заболеваемости «омикроном» в России
Безусловно, существующие вакцины потребуют адаптации. В первые месяцы после вакцинации Moderna или «Спутник», не адаптированный к новому штамму, могут обеспечить защиту в диапазоне 50-70% (хотя это не гарантировано). Однако даже в случае достижения таких показателей, их будет недостаточно. Вакцины от гриппа также обеспечивают лишь 50-70% защиты, однако этого не мешает вирусу уносить жизни людей. Прививочная кампания должна обеспечивать уровень защиты, сопоставимый с тем, что был достигнут в Венгрии при использовании «Спутника», когда риск смерти от вируса после вакцинации значительно снижался на 97,5%. Если вероятность смерти снизится лишь в десять раз, число умерших от коронавируса среди привитых увеличится в четыре раза, что является неприемлемым.
Pfizer и Moderna оперативно адаптируют свои вакцины, затрачивая на это около 100 дней. На изменение мРНК потребуется две недели, а на доклинические испытания на животных и первую и вторую фазы клинических исследований на людях – еще по несколько недель. Оценку эффективности вакцины, вероятно, не проведут сразу, поскольку ситуация требует срочного реагирования, а эти вакцинные платформы уже зарекомендовали себя при работе с предыдущими штаммами. Данные об эффективности будут собраны и проанализированы позже, после широкого применения обновленных препаратов.
Разработка варианта «Спутника», адаптированного к новому штамму, также представляет собой сложную задачу и потребует столько же времени, сколько и создание западных мРНК-вакцин. Еще в 2020 году Логунов указывал, что существенная модификация аденовирусной платформы хватает двух недель. Именно так, собственно, в феврале-марте 2020-го сделали «Спутник», модифицировав вакцину, созданную для защиты от прежнего коронавируса MERS.
По словам Александра Гинцбурга, директора НИЦ имени Гамалеи, разработана модификация вакцины «Спутник», предназначенная для защиты от омикрон-варианта уже сделана. Для идентификации нового варианта коронавируса не требовалось получение физического образца вируса; достаточно было использовать данные секвенирования его РНК, полученные из Южной Африки.
Если разработка в России идет успешно, то ситуация с регулирующими органами оставляет желать лучшего. Александр Гинцбург уже упоминал, спутник», адаптированный под штамм «дельта», был разработан оперативно, однако его пришлось поместить в хранилище. Министерство здравоохранения не одобрило бы новую вакцину без проведения всех трех этапов клинических испытаний.
Подобная ситуация сложилась и с назальной версией «Спутника»: ее состав не отличается от оригинальной вакцины, однако Минздрав вновь потребовал проведения отдельных испытаний. Получение финансирования на клинические исследования в России – сложный процесс, к которому пока не все привыкли. Клинические испытания назальной вакцины «Спутник» стартовали только после того, как президент страны обозначил свое намерение принять участие в подобном исследовании. Не вызывает сомнений, что и на клинические испытания, предназначенные для борьбы с «омикроном», финансирование будет выделяться с трудом. В случае задержки, через сто дней мы не увидим появления новой версии «Спутника.
Вероятнее всего, нам придется ожидать его не менее чем до конца февраля 2022 года. Поскольку пик зимней вспышки штамма «омикрон» в России, вероятно, придется на январь-февраль, новая вакцина, скорее всего, не успеет вовремя. До этого момента единственным доступным способом серьезной защиты является ревакцинация не реже одного раза в полгода. Других практичных решений пока не существует. При этом, даже после ревакцинации, вы, вероятно, будете защищены не от самого заражения новым штаммом, а лишь от развития тяжелых и смертельных последствий. Тем не менее, это уже представляет собой определенную реальную защиту. Учитывая стремительную скорость распространения штамма в ЮАР и по всему миру, социальное дистанцирование (и другие меры) оказываются лишь умеренно эффективными.
Риск госпитализации увеличивается с появлением штамма «омикрон
Несмотря на снижение качества научной деятельности в ЮАР после 1990-х годов, там все же собирается некоторая статистика. Она вызывает удивление: за прошедший месяц количество госпитализаций, связанных с коронавирусом, на одного человека увеличилось в восемь раз. Восемь. Не 8%, а 700%. Именно на эту цифру стоит обратить пристальное внимание каждого.
Основываясь на данных о распространении варианта «омикрон», в России ожидается значительная волна заболеваемости уже в первой половине января 2022 года, начинающаяся, как правило, в Москве. В то же время, во многих регионах страны коечный фонд ковидариев заполнен значительно выше, чем на одну восьмую. Прогнозируемое увеличение числа госпитализаций в восемь раз, которое может произойти этой зимой, способно существенно перегрузить систему здравоохранения, которая и без того, как признается, серьезно истощена более чем полутора годами пандемии.
Исход этого случая — будет ли назначена искусственная вентиляция легких или нет, закончится ли он смертью или выживанием — предсказать на данный момент затруднительно. Южно-Африканская Республика не публикует информацию о количестве пациентов, находящихся на искусственной вентиляции легких, а их оценки вероятности летального исхода от COVID-19 столь же недостоверны, как и данные российского Оперативного штаба. Обе эти группы демонстрируют несоответствие действительности, причем степень этого несоответствия остается неясной).
В распоряжении имеются данные из южноафриканской провинции Гаутенг, где был впервые зарегистрирован новый штамм. За последние три недели, для которых доступны сведения, количество госпитализированных увеличилось в 14 раз, и эта тенденция сохраняется: ежедневно поступают в больницы 300-400 человек. За неделю число пациентов в реанимации увеличилось почти втрое, а на аппаратах ИВЛ – примерно вдвое. Также наблюдается рост смертности от коронавирусной инфекции: за последнюю неделю, по имеющимся данным, она возросла на 72%. Несмотря на то, что абсолютные показатели невелики – 43 смерти за неделю, или примерно один умерший на два миллиона человек в сутки – важно помнить, что статистика по коронавирусной смертности в ЮАР не является всеобъемлющей. Поэтому необходимо оценивать не абсолютные цифры, а темпы их изменения.
И она пока очень тревожная.
…Но мы не уверены, что новый штамм «омикрон» вытеснит опасный вариант «дельта»
Одной из главных надежд, связанных с омикрон-штаммом, было то, что он вытеснит «дельту», подобно тому, как это произошло в ЮАР. Однако, хотя это и возможно, это не является неизбежным. Сложность заключается в том, что омикрон может оказаться более заразным, чем «дельта», среди тех, кто уже переболел или вакцинирован, что наблюдалось в ЮАР, где доля таких людей превышает 80%. При этом пока нет информации о том, насколько лучше омикрон распространяется среди людей, не получивших прививку.
В эпидемиологии, помимо R0, характеризующего количество людей, заражаемых одним вирусоносителем в условиях отсутствия ограничений, существуют также Rt и другие показатели «R». Они демонстрируют, сколько человек заражает один носитель вируса в условиях, отличных от стандартных, например, при наличии иммунизации или перенесенной инфекции. При этом нет гарантии, что значения R0 и Rt для различных штаммов будут всегда находиться в постоянной пропорции.
В данной ситуации нельзя исключать наиболее неблагоприятный, хотя и маловероятный сценарий: одновременное распространение как вариантов «дельта», так и «омикрон». Первый из них, теоретически, может сохраняться в группах людей, ранее не переболевших и не вакцинированных. Альтернативно, он может существовать в организмах оленей и кошек.
В то же время штамм «омикрон» будет повторно заражать людей, ранее переболевших «дельтой».
Подобные ситуации с вирусными болезнями происходили и ранее. В XX веке одновременно наблюдалось Variola mayor и Variola minor, существовало два типа оспы. Без вакцинации смертность от одной из них достигала 30%, от другой — 1%, что сопоставимо с уровнем смертности от коронавируса. Эпидемии этих штаммов попеременно охватывали население, и ни один из них не демонстрировал признаков исчезновения. Вместо активной борьбы между собой вирусы, по всей видимости, разделили области распространения, и ограничились этим.
Несмотря на то, что мы не можем исключить возможность слияния штаммов «омикрон» и «дельта» в нечто более опасное, подобное оспе, — это пока не исключено.