В ходе исследования кожа человека оказалась средой обитания для 174 ранее не идентифицированных видов бактерий, четырех видов эукариотов и 20 новых гигантских фагов.
Микроорганизмы – наиболее распространенная группа живых организмов на планете. Их можно обнаружить практически везде: в океанах, в почве, в кишечнике человека и в других местах. Считается, что микробиом кожи играет важную роль в поддержании ее здоровья и может быть связан с возникновением некоторых заболеваний, например, акне и экземой. Исследователи из Национального исследовательского института генома человека, Европейского института биоинформатики (Великобритания), Института Роберта Коха (Германия) и других научных учреждений предприняли попытку более детально изучить микробиом кожи человека. Результаты своего исследования они представили в журнале Nature Microbiology.
В исследовании приняли участие 12 взрослых добровольцев, проживающих в Северной Америке и не страдающих хроническими заболеваниями. Для анализа ученые получили 594 соскоба с разных участков кожи этих людей. Благодаря сочетанию традиционного лабораторного культивирования и метагеномного секвенирования, была составлена подробная картина микробного генома кожи человека – создана коллекция эталонных геномов данного микробиома. В ходе работы авторы выявили тысячи вирусных последовательностей, среди которых было обнаружено большое количество гигантских фагов – крупных вирусов, поражающих бактерии.
Обычно данные микроорганизмы выявлялись на руках и ногах участников исследования. Эти участки тела характеризуются чрезвычайно разнообразным микробиомом, что логично, поскольку конечностями люди наиболее часто контактируют с внешним миром. В ходе работы исследователи идентифицировали 174 ранее не известных вида бактерий, четыре новых эукариота и 20 ранее не встречавшихся им гигантских фагов. Таким образом, исследование увеличило перечень известных бактерий кожи на 26 процентов.
«Помимо бактерий и вирусов, обычно изучаемых в метагеномике, нам удалось выявить геномы 12 одноклеточных эукариотов — грибов, в частности дрожжей. Часть этих геномов уже была идентифицирована, к примеру, Malassezia globosa, этот вид грибка ассоциируется как со здоровым состоянием микрофлоры кожи, так и с такими заболеваниями, как перхоть», — сообщил Роберт Д. Финн, один из исследователей из Европейского института биоинформатики.